Gaussianで計算したIRCの結果を可視化する方法

このページではGaussianで計算したIRCの結果を可視化する方法についてご紹介しようと思います。

Gauss viewを持っていれば簡単な話なのだと思いますが、Gauss viewは有料です。

価格が見積もりになっているあたり高そうな気がします。

そんなわけで、できれば無料でIRCの計算結果を可視化したいですよね。

困ったときのgoogle先生

"IRC Gaussian 可視化"で検索してみました。

しかし、Gauss viewを使った方法しかでてきませんでした。

 

Avogadroでは可視化することができなかった。

試しに動画検索にしたら以下のような動画ありました。

Avogadro with Gaussian IRC calculation - YouTube

こちらはAvogadroを使った方法です。

しかしながら、私がAvogadroで試してみてもできませんでした。

英語が苦手だから細かいことがわからなかったためかもしれませんがw

.g03ファイル、.chkファイル、.fchkファイルで試してみましたが、すべてダメでした。

最終物の構造が表示されるのみで、途中経過の構造を見ることができませんでした。

わかるかた教えてくださいw

 

Jmolで可視化に成功!

適当にJmolで.g03ファイルを開いてみるとGaussianで計算したIRCの結果を可視化することができましたので、ご紹介させていただきます。

 

まずは普通にIRCをGaussianで計算してください。

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実際に計算にしようしたファイルの中身です。

ちなみにこのファイルではCH3ClとF-のSN2反応のIRCを計算しています。

 

するとfilename.g03というファイルができるかと思います。

そのファイルをJmolでで開いてください。

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↑こんな感じの画面になるかと思います。

次に画面右上にある矢印をクリックしてください。

すると別のフレームの構造を見ることができます。

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一つ注意していただきたいのは、左下に書いてあるエネルギー(E(RHF))はどのフレームに変えてもなぜか変わりません。

なので、そこに書いてあるエネルギーはあてにしないでください。

元ファイルを開いてちゃんと確認してください。

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よくみる反応座標と生成物と出発物のエネルギー図がほしい場合Jmolでは表示してくれません。

なので、自分で元ファイル内のエネルギー(E(RHF))と結合距離を読み取ってエクセルなどでグラフにしてください。

 

結合距離とエネルギーの関係を図にすると下図のようになります。

 

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追加(2017.4.23)

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古いバージョンであるAvogadro version 1.1.1ではIRCを可視化することができました。

なぜか最新のversion1.2.0では上でもご紹介したように可視化できませんでしたが。

このバージョンでは可視化だけでなくエネルギーも見ることができます。

viewのpropertiesのconformer propertiesをクリックしてください。

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するとこのように各構造におけるエネルギーが表示されます。

さらに各エネルギーをクリックするとその時の構造を見ることができます。

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 結合距離も一緒に見たい場合は、メジャーで見たい結合を選択しておきましょう。

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するとこのように構造、エネルギー、結合長を同時に見ることができます。

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