Avogadroで3D分子を書くのが苦手な方へ Molviewからの変換方法

「Avogadroって操作が難しくて分子を書くのが難しい。」

「Avogadroを使っているけど、3Dなので思い通りの分子を書くことができない。」

このように思っている方が多いのではないでしょうか?

「やっぱり無料ソフトでは限界があるのかー、Chem 3Dを購入するしかないか・・・」

そんな風に思っている方!

そんなことはありません!

Molviewというという無料サイトを使えばこの問題を簡単に解決することができます。

全体的な流れとしては

1. Molviewで2Dの分子を書く。

2. その2Dの分子をMolview内で3Dにする。

3. Molview内での3D分子をAvogadroで使えるように変換する。

4. そのファイルをAvogadroで開く。

って感じです。

 

Molviewって何?使い方とかわからないんだけど?って方はこちらをご覧ください。

web分子お絵かきソフトMolviewの使い方 - 気になる(仮)

 

では順番に説明しようと思います。

 

 

1. Molviewで2Dの分子を書く。

まずはMolviewで2D分子を書きましょう。

今回は例としてエタノールを書いてみました。

みなさんお好きな分子を書いてください。

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2. その2Dの分子をMolview内で3Dにする。

先ほど描きました2D分子を3Dに変換しましょう。

この3Dに変換する作業は非常に簡単です。

小学生でもできますw

画面中央上の"2D to 3D"ってボタンを押すだけです。

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 たったこれだけで3Dのエタノールが画面右側に表示されました。

 

3. Molview内での3D分子をAvogadroで使えるように変換する。

では次にこの3D分子をAvogadroでも見れるように変換していきましょう。

画面上にあるToolsをクリックしてください。

するとタブみたいなのが開きます。

そこに”MOL file”という項目がありますのでクリックしてください。

 

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すると保存画面になるかと思います。

各自お好きなところに保存してください。

ファイル形式は.molです。

 

4. そのファイルをAvogadroで開く。

それでは最後に.molファイルをAvogadroで開いてみましょう。

まずはAvogadroを起動させてください。

もしもAvogadroをまだインストールしていないという方はこちらを合わせてご覧ください。

分子モデリングソフトAvogadroのインストール方法 - 気になる(仮)

Avogadroを起動させましたら、画面左上のFileをクリックし開いたタブのOpenをクリックしてください。

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するとファイルを選択する画面になるかと思います。

そこで、先ほど保存した.molファイルを開いてください。

次の画像のようにMolviewで描いた分子が表示されます。

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以上で終了です。

お疲れさまでした。