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分子モデリングソフトAvogadroでの分子の書き方

gaussian

分子モデリングソフトAvogadroで分子の書きたいがよくわからない。

って方多いのではないでしょうか?私だけでしょうか?w

私は最初よくわかりませんでした。

メタンとエタンしか書けないじゃないか!

とか思っていました。

私のように悩んでいる人もいるかもしれないので、このページではAvogadroでの基本的な分子の書き方について説明しています。

 

Avogadroのインストール方法についてはこちらの記事をご参照ください。

分子モデリングソフトAvogadroのインストール方法 - 気になる(仮)

 

基本的なツールの説明 

まずは分子を書くのに最低限必要となるツールをご紹介します。

ここでご紹介するツールは初期設定のままだと、黒い画面の真上にあるかと思います。

下の画像の赤で囲ったところです。

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Draw Tool(鉛筆マーク)

右クリックにより原子を追加したり結合を作ったりすることができる。

左クリックにより原子や結合を削除することができる。

マウスのスクロールボタン(右クリックと左クリックの間にあるコロコロ)により拡大縮小をすることができる。

 

Navigation Tool(手裏剣マーク)

右クリックを押しながらマウスを動かすと、分子を回転させることができる。

左クリックを押しながらマウスを動かすと、分子を移動させることができる。

 

Manipulation Tool(ミッキーの手のマーク)

右クリックである原子を選択し、そのままドラッグするとその原子を動かすことができる。

 

Auto Optimization Tool(Eと下矢印マーク)

画面左のStartをクリックすると簡易的な構造最適化が行われる。

 

 

実際にアセトンを書きながら説明

具体例がないとわかりにくいかと思いますので、実際にアセトンを書いて練習してみましょう。

まずは鉛筆マークをクリックします。

ElementがCarbon、Adjust Hydrogensにチェックが入っていることを確認してください。

おそらく初期設定でこのようになっていると思います。

その後、黒い画面上で一回右クリックします。

するとメタンが書かれます(下の図)。

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白が水素で、灰色が炭素です。

次に、水素の上で一回右クリックします。

すると水素が炭素に置き換わります(下図)。

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同様にもう一つ水素を炭素に置き換えます(下図)。

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次に手裏剣マークを選択し、右クリックを押しながらマウスを動かし、真ん中の炭素に付いている水素が見えやすい位置にします。

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また鉛筆マークを押して今度はElementをOxygenにします。

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この状態で真ん中の炭素に付いている水素を右クリックします。

すると水素が酸素に置き換わります。

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次に酸素と炭素の間の結合を右クリックしてください。

すると単結合が二重結合に変わります。

また余分な水素は勝手に消えてくれます。

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この時酸素と炭素の間の結合を右クリックしにくいかもしれません。

その時はスクロールボタンをコロコロして拡大するとやりやすいかもしれないです。

最後に構造最適化を行います。

Eと下矢印ボタンを押してください。

そして画面左にあるStartを押してください。

すると構造最適化が始まります。

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構造最適化は黒い画面の左上にある(dE=)ってところが0になったら終了です。

画面左のStopを押して構造最適化を止めてください。

このStopを押さないと動いてないように見えてもずっと構造最適化をしています。

ミッキーの手を選択して原子を動かしてみるとわかりますw

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