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gaussianインプットファイルの作り方 winmostar編

gaussian

このページではwinmostarでのgaussianインプットファイルの作り方をご説明しております。

winmostarは無料版と有料版がありますが、今回行うgaussianインプットファイルの作成は無料版でもできます。

まずはWinmostarを起動させましょう。

 

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ライセンスコードがありませんと聞かれますがそのまま進んでしまって大丈夫です。

次にライセンスコードを打ち込む画面が出てきますが、これもcloseしてしまいましょう。

f:id:arimurasaji:20170311081409j:plain

ライセンスコードを打ち込まなくてもwinmostarは使えます。

しかし、一部の機能は使えないようです。

あと毎回ライセンスコードがないのか聞かれるのでうっとうしいですw

closeを押しますと次のような画面になるかと思います。

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これがwinmostarの基本画面です。

左側に分子構造が書かれています。

最初に書かれているのは中途半端にC-Hです。

なぜC-Hが最初に書かれているかは謎です、メタンとかにすればいいのにw

右側にはz-matrixで分子の座標が書かれています。

ちなみに中央下あたりにあるXYZにチェックを入れると、デカルト座標になります。

 

では試しにwinmostarでアセトンを書いていきましょう。

原子を追加するときは左上のAddを使用します(Addにマウスをのせると原子追加と表示されます。)。

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すると、原子を置く位置をクリックしてくださいと表示されるので、黒色の炭素の近くをクリックしましょう。

すると下の図のように水素原子が一つ追加されました。

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このままだと結合しておらず原子のままなので、結合させます。

結合はwinmostar画面の左上にある結合付加というボタンを押すとできます。

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上の図の状態のときに結合付加ボタンを押すと、太い赤で囲まれた水素と細い赤で囲まれた水素が結合されます(一番最後にクリックされた原子が太い赤、その前にクリックされた原子が細い赤の表示となっております。)。

下の図のようになります。

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はい、無事結合ができました。

同じようにもう一つ原子を配置し、結合を作ります。

すると下の図のようになります。

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次に二重結合を作りましょう。

二重結合の作り方は、二重結合を作りたい原子を選択された状態(太い赤と細い赤)で結合付加ボタンを二回押します。

すると下の図のように二重結合ができます。

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これで形はだいたいできましたので今度は、水素を酸素や炭素に変えていきましょう。

原子の変え方は、変更したい原子を選択した状態(太い赤)で下の図の青丸で囲んだところにあるタブから好きな原子を選択します。

その後横にあるChgボタンをクリックすると原子の変換が完了します。

では二重結合の先端の水素を酸素に変えてみましょう。

二重結合先端の水素をクリックして太い赤にします。

次に、青丸で囲ったタブをクリックし、O8を選択します。

最後にその横にあるChgボタンを押すと二重結合先端の水素が酸素に変換されます。

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同様に炭素の横にある水素を炭素に変換します。

すると下の図のようになるかと思います。

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あとは水素を足していきます。

一つ一つ今までのように足していってもいいのですが面倒なので、一気に水素を付加させてしまいます。

編集➝水素付加➝全原子

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すると、下の図のように水素が付加されます。

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このままでは少し構造が歪んでいるので、簡単な構造最適化を行いましょう。

構造最適化は、winmostarの画面左上にあるクリーンボタン(ほうきのマーク)を押すことで行えます。

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はい、これでアセトンの構造が完成しました。

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では次にこの構造をgaussianのインプットファイルにしていこうと思います。

ファイル➝名前を付けて保存

ファイルの種類はGaussianにしてください。

保存場所やファイル名は自分の好きなように設定してもらって大丈夫です。

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設定が終わり、保存ボタンを押すと下の図のような画面がでてきます。

この画面でも色々と設定できるのですが、後からいくらでもプログラムを書き換えることができるので、×で閉じてもらってけっこうです。

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この画面を閉じると指定した場所にgaussianインプットファイル(.gjf)ができています。

 

以上がgaussianインプットファイル(.gjf)の作成方法です。

このファイル内のプログラムの書き方については別記事でご紹介しようと思います。

 

*-CH3や-C2H5などを選択してreplをクリックするとwinmostarが強制終了してしまうようです。おそらく無料版では使用できないようにしているのだと思います。

*winmostarは他の分子お絵かきソフトと書き方が大きく異なるので慣れるのに時間がかかるかもしれません。

 

構造最適化をしたい方はこちらもご覧ください。

gaussianインプットファイルの作り方 構造最適化編 - 気になる(仮)